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“十五”期间，为大力调整农业产业结构，提高农产品加工转化能力和附加值，增强我国农产品的国际竞争力，促进农村经济与社会的可持续发展，并从根本上缓解“三农”问题，科技部联合农业部、教育部、国家粮食局、国家林业局、中华全国供销总社和国家质检总局等有关部门启动了“农产品深加工技术与设备研究开发” 重大科技专项。通过“十五”攻关，这项重大科技专项已经取得累累硕果，我国农产品加工技术与国际先进水平的差距全面缩小，部分领域接近国际先进水平，个别领域已达到国际领先水平。这是我国农产品加工业在科技领域的一次跨越式发展和战略性转变。
“农产品深加工技术与设备研究开发”重大科技专项重点围绕大宗粮油、果蔬、畜产品、林产品等主要农产品开展研究与开发。以实现主要农产品深加工在共性关键技术与设备等方面的重大突破，构建我国主要农产品深加工的标准与全程质量控制体系，研制开发农产品快速检测技术与仪器，为全面提升我国农产品加工产业的技术水平和科技创新能力提供科技支撑。
这是新中国成立以来，我国在农产品加工研究领域投入力度最大、研究面最广最深、涉及学科最宽、参与科技人员最多、技术集成度和产业化程度最高、带动和示范效应最明显的一项系统工程。这里还有科技重大专项执行模式的一个创新，专项资金到位总额为12.2亿元，其中企业自筹资金达9.45亿元，企业已成为科技投资的主体。专项通过招投标方式，以农产品加工龙头企业为主体、高等院校和科研院所共同承担科技攻关。直接参加单位共计82家，其中企业（上市公司12 家）35家，大专院校22所，研究院、所25个，直接参加的研究人员1600多人。
截至2005年底，“农产品深加工技术与设备研究开发”重大科技专项，共获得新产品295项，新技术、新工艺、新设备216项；鉴定成果138 项；科技奖励53项；授权国家发明专利29项，授权实用新型专利28项，另外还有141项发明专利和19项实用新型专利正在受理；软著作权3项；已颁布实施标准138项，另外还有40项标准正在受理中；商品化成果208项；建立生产示范线125条；筛选出适合加工的专用品种60个，建立专用加工品种原料生产基地928.7万亩；培养博士（后）143名，硕士研究生313名，企业技术骨干300多名、高级管理人员100多人。实现新增产值291.5亿元，新增利税30.2亿元，出口创汇5.02亿美元，获综合经济效益185.2亿元，带动农民直接增收54.3亿元。
通过“十五”攻关，我国农产品加工研究领域获得三方面重大成果：构建并完善了我国主要农产品深加工的标准与全程质量控制体，在农产品快速检测技术与仪器研究开发和农产品加工业技术创新支撑体系建设等研究领域也取得了突破性进展，为全面提升我国农产品加工产业的技术水平和科技创新能力提供了科技支撑。攻克了膜分离技术、物性修饰技术、无菌冷灌装技术、冷榨技术、浓缩技术、冷链技术等一批农产品深加工关键技术难题，开发出冷却肉、大豆分离蛋白、浓缩苹果汁等一批在国内外市场具有较大潜力和较高市场占有率的名牌产品。建设了一批科技创新基地和产业化示范生产线，培育了一批具有较强创新能力的农产品深加工企业和科学家队伍，储备了一批具有发展潜力和市场前景的技术。
现在，我国农产品加工业的增加值已突破1.1万亿元，约占国民经济GDP的8% 。我国以食品加工为主体的农产品加工产业体系已初步形成，农产品加工业已成为国民经济的支柱产业。
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