阴阳学说，贯穿在中医学术理论体系的各个方面，具体应用有如下内容：
1、说明人体的组织结构：人体是一个有机的整体，他的一切组织结构，既是有机联系的，又可以划分为相互对立的阴、阳两部分。
2、说明人体的生理功能：人体的生理活动是以物质为基础的，没有阴精就无以产生阳气，由于阳气的作用，又不断化生阴精。正如《素问·生气通天论》说：“阴平阳秘，精神乃治；阴阳离绝，精气乃绝”。
3、说明人体的病理变化：中医学认为疾病的发生，是阴阳失去相对平衡，出现偏盛偏衰的结果。用阴阳来概括说明正气与邪气相互作用，相互斗争的情况。尽管疾病的病理复杂多变，但均可以用“阴阳失调”、“阴盛则寒、阳盛则热、阳虚则寒、阴虚则热来概括说明。
4、用于疾病的诊断：正确的诊断，首先要分清阴阳，任何症症，尽管临床表现错综复杂千变万化，但都可用“阴证”和“阳证”加以概括。
5、用于疾病的治疗：高速阴阳，补偏救弊，促使阴平阳秘，恢复阳阳的相对平衡，就是治疗的基本原则。
